Da am Comenius-Gymnasium über lange Jahre hinweg hervorragende sportliche Leistungen, vor allem in der Leichtathletik, erzielt wurden, errichtete man im Schuljahr 1985/86 den Modellversuch einer Leichtathletik-Stützpunktschule. In Zusammenarbeit mit der Schulleitung, dem Kultusministerium, dem Bayerischen Leichtathletikverband und dem örtlichen Verein (TSV Deggendorf) sollte im Rahmen des Sportunterrichtes und außerschulischer Trainingslager eine intensive Talentförderung erfolgen. Die Schule übernimmt die Aufgabe, Talente zu erfassen und Mannschaften für die Schulsportwettkämpfe aufzustellen, um diese im Wettkampf zu erproben und einzelne Talente nach freiem Willen den Vereinen zuzuführen. Die Schule bot wegen der guten Sportausstattung und vor allem wegen der Möglichkeit der Heimunterbringung beste Voraussetzungen. So endete das Probejahr 1985/86 für die Stützpunktschule mit überragenden Erfolgen. In vier von acht Wettkampfklassen gelang der Einzug ins Bayerische Landesfinale. Seitdem erbringen die Sportlerinnen und Sportler am Comenius-Gymnasium Jahr für Jahr hervorragende sportliche Erfolge, und Siege im Landes-, ja sogar im Bundesfinale in Berlin, sind keine Seltenheit. 1993 würdigte Kultusminister Hans Zehetmair das Engagement des Schulleiters durch die Aushändigung der Medaille für Verdienste um den Schulsport in Gold und der Ehrennadel. Zielstrebig erweiterte er das Angebot an modernen Fremdsprachen. Neben den Pflichtfächern Englisch und Französisch führte er als Wahlfach Italienisch, Spanisch und Russisch ein. Damit die Schüler andere Länder, Menschen und Gebräuche kennenlernen und dabei die in der Schule erlernten Sprachen anwenden können, knüpfte er mit Schulen in Neusiedl in Österreich, mit Schulen in Frankreich, Schottland, USA, Italien und Russland Partnerschaften, die das Zusammenwachsen der Jugend zu einer Völkergemeinschaft fördern sollen. OStD Renner förderte auch mit großem Nachdruck die Zusammenarbeit von Schule und Berufswelt. Bei den jährlichen berufskundlichen Informationsveranstaltungen holte er Fachleute aus Wirtschaft, Politik und Wissenschaft im Rahmen von Symposien und Podiumsdiskussionen an die Schule. Ebenso richtete er das Wahlfach Informatik ein und schuf mit dem Computerraum mit 19 vernetzten Rechnern die räumlichen und technischen Voraussetzungen. Seit 1995 besitzt die Schule einen ISDN-Anschluss und damit die Möglichkeit, via Internet auf alle Datenbanken weltweit Zugriff zu haben, und eine eigene Homepage. Direktor Renner lag sehr daran, den Schülern ein vielfältiges Angebot an Wahlfächern, vor allem im sportlichen und musischen Bereich anzubieten. Vom Instrumentalunterricht, über Tanz, Eishockey, Leichtathletik, Fußball, bis zum biologischen Arbeitskreis oder dem Wahlfach "Politik und Zeitgeschichte" u. v. m. reicht die Palette. Darin sah der Schulleiter einen wesentlichen präventiven Beitrag der Schule, Heranwachsende von den Gefahren der modernen Gesellschaft fernzuhalten. Im Schuljahr 1987/88 wurde eine schulpsychologische Beratungsstelle eingerichtet (Richard Erl), die für das Comenius-Gymnasium und die umhegenden Schulen zu einer festen und oft in Anspruch genommenen Einrichtung geworden ist. Mit der Errichtung eines Tagesheims 1978/79 folgte OStD Renner dem verstärkten Wunsch der Elternschaft, dass die Kinder auch am Nachmittag eine sinnvolle Hausaufgabenbetreuung durch qualifizierte Lehrkräfte der Schule erhalten. Besuchten 1975 noch 943 Schüler die Schule, so steigerte sich diese Zahl in den 21 Jahren der "Ära Renner" auf 1278 Schüler. Die steigenden Schülerzahlen führten zu erheblichen Raumproblemen, vor allem in den naturwissenschaftlichen Fächern und im Sportunterricht. Die Schule musste dringend erweitert werden. Seit dem Schuljahr 1979/80 lag die ministerielle Zustimmung vor, aber wegen Planungsschwierigkeiten und schleppender Finanzierung konnte mit dem Erweiterungsbau an der Ostseite der Schule erst im Schuljahr 1991/92 begonnen werden. Gleich nach Amtsantritt von OStD Renner wurde der Umbau der ehemaligen Schulleiterwohnung in eine funktionale Zentralbibliothek durchgeführt. 1986 folgte ein Schulgarten mit Schulteich, der leider ein paar Jahre später dem Erweiterungsbau zum Opfer fallen musste. In der Zwischenzeit nahmen die Planungen von Diplomingenieur Gollwitzer und Architekt Knörich für einen Erweiterungsbau, eine Pausenhalle und einer Doppelturnhalle allmählich konkrete Formen an. In einem ersten Bauabschnitt wurde 1988 unter der Leitung der beiden Architekten die Pausenhalle in Angriff genommen. Sie sollte den beengten Eingangsbereich der Schule erweitern und gleichzeitig als Foyer und Aula dienen. Am 7.5.1991 fand die feierliche Einweihung statt. In Zusammenarbeit mit dem Staatlichen Hochbauamt und dem Architekturbüro Gollwitzer wurde schließlich im September 1991 mit den Bauarbeiten für den Erweiterungsbau begonnen. Der viergeschossige Bau enthielt einen Lichthof mit Glaskuppel, mehrere Lehr- und Fachräume, vor allem für Physik, Chemie, einen Informatikraum mit 19 Rechnern und adäquater Ausstattung, einen Musik- und einen Zeichensaal, einen Fitnessraum (Kraftraum) und einen Fremdsprachenraum. Auf Grund von Sparmaßnahmen des Trägers kam es immer wieder zu Verzögerungen, so dass erst im Schuljahr 1993/94 die Baumaßnahme im Erweiterungsbau abgeschlossen werden konnte. Im letzten Jahr seiner Amtsperiode wurde in einem dritten Bauabschnitt noch der Schulvorplatz mit Parkplätzen neu gestaltet. Das Lehrerzimmer konnte erweitert und mit einer Küche und neuem Mobiliar eingerichtet und das Sekretariat und die Verwaltungsräume modernisiert werden. Zum Schuljahresende 1995/96 gingen OStD Alois Renner und sein Stellvertreter StD Heinrich Wastl in den Ruhestand. Zu Nachfolgern wurden StD Toni Daumerlang vom Gymnasium Pocking und StD Walter Wolf als Stellvertreter ernannt.
Der neuen Schulleitung gelang es in kurzer Zeit, die anstehenden Aufgaben und Herausforderungen in den Griff zu bekommen. Als Erstes wurden die noch vom Vorgänger initiierten Bau- und Renovierungsmaßnahmen abgeschlossen. Dazu gehörten: Die Generalsanierung der alten Doppelturnhalle, die neue Ausstattung des Biologie-Fachtraktes, die Renovierung des Schulturmes mit einer Satelliten- und Funkstation sowie einem Fotolabor und die Neugestaltung des Pausenhofes mit Begrünung. Am 29.5.1998 konnte der dritte Bauabschnitt mit einer feierlichen Einweihung beendet werden. Der nach modernen Gesichtspunkten umgestaltete Pausenhof bildete den Abschluss einer 10-jährigen Bauphase, für die der Freistaat annähernd 11 Millionen Mark investierte . Die stetig zunehmende Schülerzahl erreichte im Schuljahr 1998/99 mit über 1300 Schülern ihren Höhepunkt. Dies erforderte großes organisatorisches Geschick, um das Raumproblem zu lösen. Indem man Internatsräume zu Unterrichtszimmern umfunktionierte und selbst kleinste Zimmer als Kollegstufenräume nutzte, konnte eine geplante Aussiedlung von Klassen vermieden werden. Trotzdem mussten vor allem im Fach Sport viele Klassen in auswärtigen Hallen unterrichtet werden, was sowohl für die Sportlehrer als auch für die Schüler strapaziös und sehr zeitaufwendig war. Durch geringfügige gezielte Rückführung der Schülerzahlen konnte erreicht werden, dass sich die Raumnot etwas entspannte. Im November 2005 wurde die neue Dreifachturnhalle in Betrieb genommen werden. Sie wurde als Gemeinschaftsprojekt der Schule und der Stadt Deggendorf mit einem Kostenaufwand von ca. 5,1 Millionen Euro errichtet. Ebenso legte man den Rasensportplatz mit eingebauter Beregnungsanlage völlig neu an. Diese Maßnahmen trugen zu einer wesentlichen Erleichterung des Sportunterrichts bei. Alle Klassenzimmer und teils auch Fachräume wurden unter der engagierten Leitung von OStRin Dr. Fink-Erl zusammen mit den Schülern renoviert und individuell gestaltet. Die im Schuljahr 2003/04 eingeführte verkürzte Schulzeit (G8) und neue pädagogische Herausforderungen veranlassten die Schule, den Bereich der Schulentwicklung weiter zu intensivieren. So war das Comenius-Gymnasium im "Regionalen Netzwerk innovativer Schulen" (RENIS) integriert und hat sich wiederholt am i.s.i.-Wettbewerb ("Innere Schulentwicklung Innovationspreis") erfolgreich beteiligt.
Seit Beginn des Schuljahres 2006/07 lenkt zum ersten Mal in der Geschichte des Comenius-Gymnasiums eine Frau die Geschicke der Schule: Hannelore Alt übernahm im Herbst 2006 das Amt der Schulleiterin von ihrem Vorgänger OStD Toni Daumerlang. Ihre ersten Wochen an der Schule waren begleitet von intensiven Bautätigkeiten, denn die Sanierung des Altbaus des Internats und der Neubau des Speisesaals liefen gerade auf Hochtouren. Im März 2007 ging der lang ersehnte Umzug des Internats in die neu sanierten Zimmer des Altbaus über die Bühne, es folgten der Umzug der Küche und die Inbetriebnahme des modernen, neuen Speisesaals. Anschließend ging es an die Sanierung des ehemaligen Neubaus des Internats. Im Juli 2009 feierte die Schulfamilie mit Kultusstaatssekretär Dr. Marcel Huber, Landrat Christian Bernreiter und Vertretern des Bauamts die Fertigstellung des fünften Bauabschnitts. Die Gesamtbaukosten beliefen sich auf 6,8 Millionen Euro. Weiterhin wird es ab dem Schuljahr 2009/10 eine Modellklasse für Hochbegabte am Comenius-Gymnasium geben. Bereits zum zweiten Mal kann im neuen Schuljahr in den 5. Klassen eine Streicherklasse eingerichtet werden. In Planung sind außerdem gerade der sechste Bauabschnitt (Sanierung des Altbaus) sowie die campusartige Ausgestaltung des Jahnhügels, der zudem verkehrsberuhigt worden ist.
Weitere Schwerpunkte der Schulentwicklung an unserer Schule sind die Ausweitung offener und freier Unterrichtsformen, die intensive Präventionsarbeit in den Klassen 5 bis 11, der systematische Ausbau des Methodentrainings, die Optimierung des Nachhilfeunterrichts durch das Projekt "Groß hilft Klein", und die Schulvereinbarung, die dazu beiträgt, dass das Zusammenleben innerhalb der Schulgemeinschaft auf eine harmonische Basis gestellt wird. Die Arbeitsgemeinschaft "Evaluation", die Planungsgruppe der Schule und die Sozial-AG koordinieren bzw. ergänzen die vielen Maßnahmen und Projekte der Schulentwicklung.
(Die Chronik wird fortgeschrieben von StRin Nicole Dressler)