Am 01.08.1965 wurde die Oberrealschule in ein Gymnasium umbenannt. Damit änderte sich zunächst nur die Zählweise der Jahrgangsstufen. Diese wurden nun von der Grundschule an bis zum Abschlussjahr des Gymnasiums, also von der 1. bis zur 13. Klasse, durchgezählt. Die offizielle Bezeichnung "Gymnasium Deggendorf" war für die Schulleitung recht nichtssagend; deshalb suchte man einen "Patron" für das neu ernannte Gymnasium. Nachdem der ursprünglich beantragte Namensvorschlag "Aventinus-Gymnasium" vom Ministerium abgelehnt worden war, präsentierte Direktor Habersetzer am 15.01.1971 in einer festlichen Veranstaltung den aus dem heutigen Tschechien stammenden Pädagogen Jan Amos Comenius (1592-1670) als Namensgeber für das Gymnasium Deggendorf I.
Man war in Zugzwang geraten, da das benachbarte neue Gymnasium Deggendorf II mit dem Naturwissenschaftler und Mediziner Robert Koch bereits einen aktuellen Namensgeber hatte. Direktor Habersetzer charakterisiert den tschechischen Reformpädagogen als einen Weltverbesserer, der "stets darüber nachdachte, wie man die Welt besser machen könnte". Die Tatsache, dass zur damaligen Zeit eine wahre Comenius-Renaissance unter den Pädagogen herrschte, ausgelöst durch die Veröffentlichung unbekannter Schriften von Comenius, und seine geografische Nähe erklären unter anderem die Wahl dieses Namens. Nach den Studentenunruhen Ende der 60er Jahre und der folgenden kontroversen Diskussion um notwendige Bildungsreformen kam es zu den Reformmaßnahmen der 70er Jahre. Dazu zählte auch die Oberstufenreform. Nachdem diesbezügliche Schulversuche an mehreren bayerischen Gymnasien, unter anderem auch am Comenius-Gymnasium, erfolgreich abgeschlossen worden waren, wurde mit Zustimmung des Elternbeirats und des Lehrerrats die Kollegstufe bereits zum Schuljahr 1975/76 eingeführt. Damit wurden ab der 12. Jahrgangsstufe die herkömmlichen Klassenverbände aufgelöst; an ihre Stelle trat ein Kurssystem aus Leistungs- und Grundkursen, aus dem jeder Kollegial sich sein individuelles Kursprogramm mit gewissen Einschränkungen auswählen konnte. Ebenso konnten sich die Kollegialen mit der Belegung der Leistungskurse und der entsprechenden Grundkurse die vier Abiturfächer individuell aussuchen. Das traditionelle Notensystem von Note l bis Note 6 wurde durch ein 15-Punkte-System ersetzt, das eine differenziertere Leistungsbewertung ermöglichen sollte. Anstelle der jeweiligen Klassenleiter beraten nun die beiden Kollegstufenbetreuer die Kollegialen der K 12 und K 13. Die Einführung der Kollegstufe gab damit den Oberstufenschülern die Möglichkeil, sich ihren Ausbildungsweg zu einem großen Teil selbsl zu gestalten. Dies sollte die Schüler zu mehr Mitbestimmung und auch zu mehr Selbstveranlwortung erziehen. Vor allem bei Schülern wurde die neue Form der Oberslufe sehr positiv aufgenommen. Einen weiteren Meilenstein in der Entwicklung des Comenius-Gymnasiums selzte das Kultusministerium, als es mit Wirkung vom 31.01.1974 an der Schule ein Pädagogisches Seminar für die Fächer Biologie und Chemie einrichtete. Damit hatte die Schule den Auftrag erhalten, an der pädagogischen Ausbildung des Lehrernachwuchses mitzuwirken. Das Seminar sollte die Referendare fachlich, methodisch und pädagogisch fördern, damit sie zu "selbständiger und erfolgreicher Lehrtätigkeit befähigt sind". Dabei erfolgte die Ernennung zur Seminarschule zu einem denkbar ungünstigen Zeitpunkt. Wegen der Renovierung des Altbaus waren 14 Klassen in die alte Berufsschule bzw. an die Knabenschule evakuiert worden, ebenso fehlte es an adäquaten Räumlichkeiten und Ausstattung für die Fächer Biologie und Chemie. Trotzdem wurde bereits 1975 das Seminar für Sport und Mathematik hinzugefügt. Es folgten in den nächsten Jahren das Seminar für Englisch und Erdkunde und seit 1996 das Seminar für Deutsch und Geschichte. Höhepunkt und gleichsam Abschluss der "Ära Habersetzer" bildete der Festakt zum 75jährigen Bestehen der Schule am 20. Juni 1975. Vor zahlreichen Festgästen zeichnete der Schulleiter die geschichtliche Entwicklung der Schule nach, die maßgeblich dazu beigetragen habe, dass Deggendorf zu einer Schulstadt sich entwickelt habe. Die Geschichte habe zudem gezeigt, dass auch in schwierigen Zeiten die Schule stets ein Bildungsinstitut gewesen sei, das seinen Absolventen geholfen habe, das Leben zu meistern. Grußworte überbrachten Landrat Walter Fritsch (Absolvia 1938), Bürgermeister Max Thoma, der Elternbeiratsvorsitzende Karl Dickert und Schülersprecher Karl-Heinz Häring. Erinnerungen aus "alter" Zeit ließ der "Nestor" der Ehemaligen Karl Nestler (Absolvia 1912) aufleben. Josef Kaiser und Heinrich Wastl hatten zu diesem Jubiläum eine viel beachtete Dokumentation von alten Bildern und Zeitungsberichten erstellt. Drei Festkonzerte mit Beteiligung ehemaliger und derzeitiger Schüler gaben dem Jubiläum einen würdigen musikalischen Rahmen. Am 31.07.1975 wurde Oberstudiendirektor Walther Habersetzer in den Ruhestand versetzt. Es folgte ihm Studiendirektor Alois Renner aus Straubing. Er führte den Ausbau und die Erweiterung der Schule zügig weiter.