Die steigenden Schülerzahlen zwangen Schulleiter Maderer nach Erweiterungs-möglichkeiten für Schule und Heim zu suchen. Der große Flüchtlingsstrom hatte allerdings die Wohnungsnot zusätzlich verschärft. Dank seiner guten politischen Beziehungen als Landtagsabgeordneter gelang es dem Schulleiter, bei der Neuen Kaserne (heutiger Standort des BGS) eine Nutzungserlaubnis für Schulzwecke zu erreichen. Nach seinen Plänen sollte ein dortiger Block die Mädchenabteilung der Oberrealschule unter der Leitung von Studienrätin Holl aufnehmen. Zudem plante er dort ein Mädchenpensionat einzurichten. Die Schülerinnen sollten überwiegend von weiblichen Lehrkräften unterrichtet werden. Die Gesamtleitung sollte aber in den Händen Maderers liegen. Bei der 50-Jahr-Feier konnte Maderer die offizielle Zusage des bayerischen Ministerpräsidenten Ehard noch voller Stolz verlesen, doch bereits im Februar 1951 kam es zum Baustopp, denn die US-Streitkräfte wollten den Bau für ihre eigenen Angehörigen nutzen. Damit waren die Bauvorhaben der Schulleitung bis zum Ende der 50er Jahre vorerst gebremst. So musste man sich zwangsläufig mit den organisatorischen Reformen der 50er Jahre beschäftigen. Nachdem sich die sog. Kurzform, d. h. Schüler besuchen 6 Jahre die Volksschule und legen nach weiteren 6 Jahren an der Oberrealschule ihr Abitur ab, gegenüber der Langform, d. h. Schüler gehen nach 4 Jahren Volksschule an die Oberrealschule und absolvieren nach 8 Jahren das Abitur, aus organisatorischen Gründen nicht durchsetzen konnte, wurde im Jahre 1955 die neunte Klasse (alter Zählung) eingeführt. Damit wurde die Schulzeit um ein Jahr verlängert und die viel beklagte Stofffülle konnte mit der erforderlichen Vertiefung behandelt werden. Mit Ende des Schuljahres 1955/56 ging Oberstudiendirektor Andreas Maderer in den Ruhestand; es folgte ihm Oberstudiendirektor Rudolf Schinkinger, der bereits während der Kriegszeit von 1940-1945 die Schule geleitet hatte. Im Schuljahr 1959 wurde dann der "kleine Reformplan" (Professor Theodor Maunz) zur Neugestaltung der Oberstufe umgesetzt. Danach konnten die Schüler der 8. Klassen in bestimmten Fächern bereits das "Vorabitur" ablegen, um sich dann in der 9. Klasse ganz auf die restlichen Abiturfächer konzentrieren zu können. Mit Ende des Schuljahres 1960/61 ging Oberstudiendirektor Rudolf Schinkinger in Pension und es folgte ihm Oberstudiendirektor Walther Habersetzer als Schulleiter.
Gleich zu Beginn seiner Amtszeit entbrannte die Auseinandersetzung um den realgymnasialen Zweig. Zu diesem Zweck war 1962 eine Fördergemeinschaft gegründet .worden mit dem Ziel, der Oberrealschule einen realgymnasialen Zweig mit Latein als 1. Fremdsprache ab der l. Klasse anzugliedern. Der von der Elternschaft und auch vom Stadtrat unterstützte Antrag wurde aber in dieser Form vom Kultusministerium abgelehnt und die gegenwärtige Regelung des neusprachlichen Zweiges gefordert, in der mit Beginn der 3. Fremdsprache der Unterricht in den mathematisch-naturwissenschaftlichen Fächern auf die Anforderungen des Realgymnasiums abgestellt werden sollte. Nach anfänglichem Widerstand lenkten Stadtrat und Elternbeirat schließlich im Schuljahr 1963/64 ein, um damit neben mathematisch auch sprachlich begabten Schülern eine neue Bildungsmöglichkeit zu bieten. Oberstudiendirektor Habersetzer erreichte im Schuljahr 1964/65 mit der Einrichtung von Übergangs- und Anschlussklassen eine wesentliche Verbesserung der bildungspolitischen Infrastruktur in unserem Raum. In diesen Klassen konnten begabte Absolventen der Real-und Berufsaufbauschulen den Weg zum Abitur beschreiten. Dies war bis zu diesem Zeitpunkt nur in Pfarrkirchen möglich. Damit konnten viele geeignete Real-und Berufsaufbauschüler der engeren und weiteren Umgebung in Deggendorf das Abitur machen. Im selben Jahr wurde auch die Oberrealschule Deggendorf laut ministerieller Bekanntmachung zur offiziellen Heimschule erklärt. Seit dieser Zeit sorgt der Freistaat Bayern als Sachaufwandsträger für die "Bereitstellung, Bewirtschaftung und Unterhaltung" der Schulanlage und des Schülerheims. Inzwischen war auf Grund steigender Schülerzahlen die Raumnot in Schule und Heim unerträglich geworden. Überfüllte Klassen sowie Schicht- und Wechselunterricht an der Schule wurden in einem "Brandbrief" des Elternbeiratsvorsitzenden Heinrich Schlott an das Kultusministerium beklagt, und auch im Schülerheim stellte das Staatliche Landbauamt fest, dass die Schüler in derzeit kaum noch zumutbaren Schlafsälen mit über 40 Betten untergebracht sind. Auf Druck von Schulleitung, Elternschaft und Stadtrat genehmigte das Ministerium den Ausbau der Oberrealschule. Nach verschiedenen Planungsentwürfen setzte sich der Alternativplan des Architekten Dipl. Ing. Righi durch, der einen dreistöckigen Baukörper in der heutigen Form vorsah. Am 08.06.196l stimmte der Stadtrat der Planung und der auf rund 2,3 Millionen bemessenen Finanzierung zu. Um den Neubau mit Doppelturnhalle der Schule zu errichten, musste vorher noch die alte Turnhalle aus dem Jahre 1927 abgerissen werden. Der Sportunterricht konnte regulär weitergeführt werden, da der Bundesgrenzschutz der Schule seine Sportanlagen während der Bauphase zur Verfügung stellte. Am 04.09.196l begannen die Bauarbeiten, die wegen der guten Witterung zügig voranschritten. Im März 1962 war der Rohbau des Neubaus fertig, im Juli wurden die Decken der oberen Turnhalle gegossen. Der Unterricht endete wegen der Bauarbeiten bereits am 30.06.1962. Der Neubau der Schule wurde am 12. Juli 1963 nach zweijähriger Bauzeit eingeweiht. Er veränderte das seit 1913 unveränderte Ensemble der Schulanlage: Der verkleinerte Pausenhof war geteert und mit Grünstreifen belebt. Ein moderner Brunnen wurde in der Mitte des Hofes errichtet. Im Neubau selbst wurden neben Klassenzimmern auch Fachräume für Musik, Kunst, Physik, Biologie und Chemie eingerichtet. Den Abschluss des Neubaus bildeten die zwei übereinander liegenden Turnhallen, von denen die untere eine Empore besitzt, die zu Festakten genutzt werden kann. Nach Abschluss des Neubaus an der Schule begannen nach dreijähriger Planung am 19. Oktober 1966 endlich auch die Bauarbeiten für den Neubautrakt des Heims; nach zügigem Baufortschritt konnte am 14.07.1967 die Hebefeier stattfinden. Am 08.04.1969 konnte dann mit der Renovierung und dem Umbau des Heimaltbaus begonnen werden. Hier wurde die alte Jugendstilfassade von Schott ebenso entfernt wie man die alten Kastenfenster durch großflächige Fenster ersetzte. Der Philosophie der damaligen Architektur entsprechend wollte man "Luft und Licht" in die Schulräume lassen und den "alten Schul- und Heinimief" entfernen. Mit den beiden klar strukturierten Neubauten in Schule und Heim wollte der Architekt "bewusst gesetzte Kontrapunkte" zu den Schottschen Jugendstilbauten setzen. Zu Jahresbeginn 1968 konnten die Heimschüler in den neuen Erweiterungsbau einziehen, der am 09.04.1970 zusammen mit dem umgebauten Altbau offiziell seiner Bestimmung übergeben wurde. Der dreistöckige Heimneubau enthielt vier Studiersäle, modern ausgestattete kleine Mehrbettzimmer, eine Kegelbahn, einen Fitnessraum u. a. für ca. 100 Heimschüler. Ein neuer Küchentrakt mit moderner Küche und Speisesaal schloss sich an; im umgebauten und renovierten Altbau wurde eine Aula für 250 Schüler und die Albertus-Magnus-Kapelle eingebaut. Als Heimleiter waren seit 1957 Heinrich Weiß und seit 1965 Karl Pielmeier im Amt. Unter ihrem strengen Regiment stöhnten ganze Schülerheim-generationen. Mit strengen Strafen, auch der Prügelstrafe, versuchte man damals Zucht und Ordnung herzustellen, was oft zu großen Konflikten führte. Daneben wurden aber im Schülerheim auch kulturelle Aufführungen mit großem Erfolg veranstaltet. Neben der Schülerheimblaskapelle unter der Leitung von Karl Pielmeier ist auch die Theatergruppe des Heims zu nennen, die unter der Leitung von StR Helmuth Schwemmer eine Reihe von erfolgreichen Stücken aufführte. Ab 1970 hatte OStR Hans Schwibach die Leitung übernommen und mit großem Einsatz versucht, das Leben im Internat für die Schüler attraktiver zu machen. Trotz des sehr großzügig angelegten Neubaus traten schon im Schuljahr 1966/67 im Schulgebäude erneut Raumprobleme auf. Die Schülerzahl stieg pro Schuljahr um etwa 100 an und erreichte die magische Zahl von 1000. Sieben Klassen mussten in Ausweichräumen untergebracht werden, eine vom Ministerium angebotene Übergangsklasse konnte wegen Platzmangels an der Schule nicht eingerichtet werden. Da ein zweiter Neubau aus Platzgründen ausschied, entschieden sich Schulleitung, Landbauamt und Ministerium schließlich für den Umbau der Kellerräume im Altbau der Schule in Klassenzimmer. Bei verschiedenen Besichtigungen stellte sich aber heraus, dass wegen erheblicher Schäden der gesamte Altbau saniert und auch der Sportplatz neu angelegt werden musste. Anfang Oktober 1969 wurde der alte Geröllboden des Sportplatzes entfernt und mit frostsicherem Kiesmaterial ersetzt. Darauf wurde der Rasen des Sportplatzes angelegt. Ein moderner Bitukautschukbelag wurde auf der neuen 100-Meter-Bahn aufgezogen. Ab Herbst 1970 standen die Lauf- und Sprunganlagen für den Schulsport wieder zur Verfügung. Die bisher ungenutzte Dreiecksfläche hinter der Turnhalle nutzte man als Kugelstoßanlage. Der neu entstandene Rasenplatz konnte ab Juli 1971 nach einjähriger Schonzeit bespielt werden. Die Gesamtkosten beliefen sich auf 250.000 Mark. Mit Schuljahresende 1970 begannen die Umbauarbeiten in den Kellerräumen des Altbaus, die ebenfalls auf 250.000 Mark veranschlagt waren. Wegen der langen Lieferzeiten für die Einrichtung der Klassenräume konnten diese erst ab 07.10.1970 genützt werden. Trotzdem konnte durch die fünf neuen Klasszimmer und die Belegung zweier Studiersäle im Heim der befürchtete Schichtunterricht vermieden werden. Erst durch die Gründung des Robert-Koch-Gymnasiums in Deggendorf Anfang der 70er Jahre entschärfte sich die Raumnot an der Oberrealschule. Wesentlich schwieriger gestaltete sich für die Unterrichtsorganisation die Sanierung des Altbaus, die auf ca. 200.000 Mark veranschlagt war. Da die Bauarbeiten im April 1974, also fast mitten im Schuljahr begannen, mussten die "Altbauklassen" zwangsläufig außerhalb des Schulgebäudes untergebracht werden. Direktor Habersetzer und seinem Stellvertreter StD Kaiser gelang es, einige Klassen in der "alten" Berufsschule (heutige FOS) unterzubringen. Durch den Umzug der Berufsschule ins neue Schulzentrum an der Egger Straße waren Räume frei geworden. Die anderen Klassen wurden in der "Knabenschule" in der Rosengasse untergebracht, wo unter der Leitung von StD Kaiser ein geregelter Schulbetrieb eingerichtet wurde. So konnten am Altbau das Dach saniert, die Klassenzimmer neu ausgestattet und Jugendstilfassade neu gestrichen werden, die seit 1974 unter Denkmalschutz steht. Damit wurden nach dreizehnjähriger Bauzeit in Schule und Heim die räumlichen Voraussetzungen geschaffen, die das Aussehen der Schule bis heute wesentlich prägen.