Von April 1945 bis April 1946 ruhte der Schulbetrieb, nachdem der amerikanische Oberbefehlshaber Eisen-hower in seiner Proklamation Nr. l die Schließung aller Unterrichts- und Erziehungsanstalten innerhalb des Besatzungsgebietes verfügt hatte. Lediglich eine 6. und eine 8. Klasse wurden im Rahmen der UNRRA-Schule (United Nations Relief and Rehabilitation Administration) aus der benachbarten "Neuen Kaserne", wo über 1.000 meist jüdische "displacedpersons" untergebracht waren, von drei unbelasteten Lehrern unterrichtet. Schule und Heim wurden ansonsten von der amerikanischen Besatzungsmacht als Lazarett genützt. Direktor Schinkinger musste die Schulleitung abgeben und sich wie die meisten Lehrkräfte des Deutschen Schulheims der Entnazifizierung unterziehen. Er führte lediglich die Amtsgeschäfte. Der von der Militärregierung eingesetzte Kultusminister Dr. Fendt teilte am 17. Oktober 1945 mit, dass die Militärregierung die Aufnahme des Unterrichtes in allen Klassen der Höheren Schulen genehmigt habe. Trotz wiederholter Anträge der Schulleitung verzögerte sich die Unterrichtsgenehmigung für die Oberschule, weil die Überprüfung der Entnazifizierungsbögen der Lehrkräfte am ehemaligen Deutschen Schulheim länger dauerte. Am 1. November 1945 übernahm Studienrat Andreas Maderer, der gleichzeitig von der amerikanischen Militärbehörde als Bürgermeister der Stadt eingesetzt wurde, die Leitung von Schule und Heim. Er fungierte auch als Mittelsperson zwischen Schule und Militärregierung.
Zu Beginn seiner Amtstätigkeit ließ Direktor Maderer die größten Beschädigungen des Inventars, die durch die einjährige Zweckentfremdung entstanden waren, reparieren, er kümmerte sich um die notwendige neue Einrichtung im Heim und versuchte die dezimierten Einrichtungsgegenstände wenigstens notdürftig zu erganzen. Auf Grund der nationalsozialistischen Vergangenheit als Deutsches Schulheim wurden durch KME vom 19.11.45 Schule und Heim wieder getrennt, doch blieb das Schülerheim unter staatlicher Verwaltung und blieb dem Direktor der Oberrealschule unterstellt. Die Schule wurde, was ihre Ausbildungsrichtung anbetraf, nach dem Stand von 1938, also als achtjährige Oberschule wieder hergestellt. Ebenso wurde die Schulordnung von 1928 wieder in Kraft gesetzt. Für das kommende Schuljahr 1946/47 hatten sich 750 Schüler angemeldet, 1944 waren es 500; ferner musste die Mädchenoberschule mit der Oberrealschule zusammengelegt werden, weil das Elisabethenheim ebenfalls als Lazarett diente. Zur Unterrichtung dieser großen Schülerzahl fehlte es an Lehrpersonal. Mit Lehrkräften der früheren Mädchenoberschule und mehreren Flüchtlingslehrern begann der Wiederaufbau der Schule. Im Schülerheim übernahm einstweilen Religionslehrer Engelbert Baumgärtl die Leitung, unterstützt von Religionslehrer Karl Malis. In der Doppelfunktion Schulleiter und Bürgermeister hatte es Maderer schwer, seine Vorstellungen gegenüber der Militärregierung durchzusetzen. Als die amerikanische Militärbehörde mit Maßnahmen des Bürgermeisters Maderer nicht einverstanden war, kam es zur vorübergehenden Amtsenthebung an der Schule. So wurde Studienrätin Elisabeth Holl, vormals Leiterin der Mädchenrealschule, kommissarisch als Schulleiterin eingesetzt. Sie durfte auch am 30.04.1946 im Beisein von Militärregierung, Landrat und Stadtrat den Schulbetrieb offiziell wieder eröffnen. 830 Schüler, davon 591 Jungen und 239 Mädchen mussten von den 19 von der örtlichen Militärregierung genehmigten Lehrkräften in 23 Klassen (21 hauseigene Klassen, 2 UNRRA-Klassen) unterrichtet werden. Das erste Nachkriegsschuljahr dauerte vom 30.04. bis zum 15.07.1946. Als Maderer das Bürgermeisteramt niederlegte, konnte er sich mit aller Kraft zu Schuljahresbeginn 1946/47 der Schule widmen. Die Schülerzahl war inzwischen auf über 900 gestiegen, bedingt durch viele Flüchthngs-kinder und die Fusion mit der Mädchenrealschule. Große Probleme gab es in Unterrichtsverteilung zu bewältigen, mussten doch 24 Klassen in 13 Schulräumen untergebracht werden. Dies war nur durch den sog. "Abteilungsunterricht" möglich, d.h. die einzelnen Klassen wurden in Vor- bzw. Nachmittagsunterricht eingeteilt. Die Zahl der unterrichtenden Lehrkräfte stieg auf 31, wobei zu den Flüchtlingslehrkräften allmählich auch wieder die entnazifizierten Lehrkräfte kamen. Im Oktober 1946 wurde die Schule nun offiziell in "Oberrealschule mit Schülerheim Deggendorf" umbenannt. Im sehr strengen Winter 1946/47 musste wegen Mangel an Heizmaterialien der Unterricht für einige Tage ausfallen. Diese wurden allerdings im Frühjahr und im Sommer nachgeholt, so dass sich allmählich wieder der normale Schulalltag einstellen konnte. Allerdings war der Zustrom in den nächsten Jahren sehr groß, so dass die Schule aus allen Nähten platzte. Im Schuljahr 1948/49 zählte die Schule 995 Schüler, die in 27 Klassen von 4l Lehrern unterrichtet wurden. Nur mit Klassenstärken von über 50 Schülern und mit Schichtunterricht war dies zu lösen. Dabei musste die Aufteilung der Klassen nach Knaben und Mädchen, nach Sprachen, nach Konfession und nach Fahr- oder Stadtschülern berücksichtigt werden. Seit 1947 hatte der Pfarrer Engelbert Baumgärtl mit seiner Schwester das Regiment über die 120 "Schülerheimer" übernommen. Mit ihnen zog ein strenger, klerikaler Geist ein. Allerdings wurde Baumgärtl überraschend 1950 nach Amberg versetzt. Für ihn übernahm Direktor Maderer persönlich die Heimleitung, eine große Arbeitsbelastung, da Maderer zudem als CSU-Landtagsabgeordneter häufig für ein paar Tage in München war. Deshalb übernahm auf seine Vermittlung Josef Ketteier die Leitung des Pensionats, allerdings nur für ein Jahr, nachdem sich herausgestellt hatte, dass er falsche Angaben über seine Lehr- und Erziehungsarbeit gemacht hatte. Am 12. und 13. Juli 1950 feierte die Oberrealschule mit Schülerheim ihr Jubiläum zum 50-jährigen Bestehen. Gleichzeitig war damit die Entlassung der Abiturienten verknüpft. Am Vorabend fand in der Turnhalle ein Festkonzert statt, an dem auch ehemalige Schüler mitwirkten. Direktor Maderer ging in seiner Festansprache auf die wechselvolle Geschichte der Schule ein. Er betonte, dass die Stadt Deggendorf mit der Gründung der Schule, der ersten Realschule Niederbayerns, aus ihrem Provinzdasein herausgetreten sei. Des weiteren charakterisierte er die Schule mit ihren 1.000 Schülern als ein wichtiges Bildungszentrum an der Grenze zum Bayerischen Wald. Da die finanziellen Verhältnisse die Herausgabe einer Festschrift nicht zuließen, ist lediglich im Jahresbericht 1949/50 ein knapp gehaltener Überblick über die Entwicklung der Schule enthalten, der vom ehemaligen Schulleiter Ferdinand Gierisch zusammengestellt wurde. Am Abend trafen sich Schüler, Lehrer und viele "Ehemalige" im Schwarzmannsaal und tauschten in gemütlicher Runde Erinnerungen aus. Musik, kleine Einakter von Ludwig Thoma und Max Peinkofer und schließlich Tanz rundeten den Abend ab. Das eigentliche Wiedersehensfest wurde am 12. August im Rahmen des 1200-jährigen Stadtjubiläums durchgeführt.