Unmittelbar nach Hitlers Machtergreifung war Dr. Schlaffner am 16.05.1933 durch eine kultusministerielle Entschließung nach Memmingen versetzt worden. Er hatte um seine Versetzung gebeten, um drohenden Konflikten aus dem Weg zu gehen, galt doch der Stadtrat den neuen Machthabern als "Stütze des politischen Katholizismus" als Schulleiter nicht mehr tragbar. Er wurde durch Studiendirektor Ferdinand Gierisch als Rektor abgelöst.
Waren die ersten drei Jahre von 1933-1936 noch relativ unbeeinflusst von der neuen nationalsozialistischen Schulpolitik, so nahm der Einfluss von Partei und Parteiorganisationen stetig zu. Inzwischen hatte sich ein großer Teil der Schülerschaft der Hitlerjugend angeschlossen. Rektor Gierisch wollte den Ausbau der Schule durch Angleichung an den Zeitgeist vorantreiben. Das propagandistische Motto "Macht die Ostmark stark" diente ihm dazu. Lag doch die Deggendorfer Realschule an der Grenze zur Ostmark, war sozusagen ein "Kulturwall" gegen den Osten. Trotz aller Loyalität und guter Argumente wurde der Antrag des Schulleiters auf Erweiterung der Realschule vom 12.03.1936 zunächst abgelehnt. Das Ministerium gab ihm deutlich zu verstehen, dass der katholische Orden der Maristen als Träger des Heims mit den Zielen nationalsozialistischer Jugenderziehung unvereinbar wäre. So wurde in einem ersten Schritt den Maristen am 24.03.1937 der Pachtvertrag gekündigt, obwohl ihnen von allen Seiten eine vorzügliche Erziehungsarbeit bestätigt wurde. Da inzwischen auch Straubing und Cham um den Ausbau ihrer Realschulen mit Deggendorf konkurrierten, musste eine zusätzliche Lösung angestrebt werden: Schule und Heim sollten nach Gierischs Plan miteinander verbunden werden. Dadurch könnten für die Stadt die Personalkosten für den Heimleiter und den Präfekten eingespart werden. Somit überzeugte er Bürgermeister und Stadtrat, die anfangs wenig geneigt waren, das Schülerheim wieder verwaltungsmäßig und finanziell zu übernehmen. Der Rechtsrat der Stadt Deggendorf machte die Zustimmung zu diesem Plan von der Genehmigung durch das Staatsministerium abhängig. Die Einwilligung des zuständigen Staatssekretärs Dr. Boepple erreichte Rektor Gierisch dadurch, dass er ihm deutlich machen konnte, dass in Deggendorf die Rahmenbedingungen für nationalsozialistische "Landerziehungsheime" in idealer Weise vorhanden seien. Realschule und Erziehungsinstitut würden sich dazu hervorragend eignen. Dieser Plan des Schulleiters führte am 16.03.1937 zur Angliederung einer 7. Klasse und im Schuljahr 1938/39 zur Angliederung einer 8. Klasse, wodurch die Realschule Deggendorf zunächst den Rang einer Oberrealschule, am Ende der Ausbauphase den Status einer Oberschule inne hatte. Diese Verfügung wurde von der Verpflichtung der Stadt abhängig gemacht, für die erforderlichen Schulräume, die erstmalige Ausstattung der Zimmer und die erstmalige Anschaffung der Unterrichtsmittel zu sorgen. Die Stadt ging auf die Bedingungen sofort ein. Der Ausbau zur Oberrealschule war auch für Deggendorf ein großer Prestigegewinn, konnte jetzt zum ersten Male in der Stadt ein Reifezeugnis erlangt werden. Die Stadt übernahm nach dem Weggang der Maristen nach den Vorschlägen des Rektors wieder die Heimverwaltung und baute in den Speicherraum der Schule einen Musiksaal und ein zusätzliches Klassenzimmer. Der Schulleiter übernahm ehrenamtlich die Heimleitung und konnte junge Lehrkräfte zum kostenlosen Heimdienst überreden. Als im Juli 1937 Staatssekretär Dr. Boepple in Begleitung zweier Ministerialräte Schule und Heim besichtigte, fand die Art der Heimerziehung seine volle Zustimmung. Viele Anregungen aus dem Modell der "NS-Landerziehungsheime" waren seiner Ansicht nach in der Deggendorfer Konstruktion Schule und Heim verwirklicht. Dieser Besuch war letztlich ausschlaggebend für die weitere Entwicklung der Schule. Durch KME vom 12.04.1938 wurde das städtische Schülerheim in staatliche Verwaltung genommen und mit der Oberschule zu einer Einheit im "Deutschen Schulheim", einer völlig neuen Schulgattung verschmolzen. Der Direktor der Schule war gleichzeitig der Heimleiter. Die Tätigkeit im Heim wurde auf das Pflichtstundenmaß angerechnet. Erzieher durften mit maximal 12 Unterrichtsstunden eingesetzt werden. Am 15.03.1939 wurden in einer feierlichen Veranstaltung die ersten 16 Abiturienten (14 Schüler, 2 Schülerinnen) entlassen. Dank großer Propaganda wurde das Deutsche Schulheim in Deggendorf weit über das bisherige Einzugsgebiet hinaus bekannt gemacht. So stieg die Schülerzahl innerhalb von drei Jahren auf 413, die Zahl der Heimschüler verdoppelte sich auf fast 100, ebenso stieg die Zahl der Klassen von 7 auf 14 (1939). Die Raumnot konnte dadurch etwas gelindert werden, dass man die Sammlungsräume in Klasszimmer umwandelte und die naturwissenschaftlichen und geografischen Sammlungen auf dem Speicher unterbrachte. Als Deutsches Schulheim richtete man nun Unterricht und Erziehung ganz auf die NS-Ideologie mit ihren Werten und Zielsetzungen aus: "Es ist Aufgabe der Schule, eine körperlich und geistig gestählte Jugend heranzuziehen, die die bewegenden Kräfte der Zeit versteht, die einsatzbereit ist für ihre Ziele, die hart und entschlossen einmal das Steuer der Geschichte unseres Vaterlandes in die Hände nehmen will, auf die der Führer sich in guten und in schlimmen Tagen unbedingt verlassen kann (...). Charakterliche und weltanschauliche Schulung muss aber stets, das oberste Ziel (...) eines Deutschen Schulheims sein." In den Zielsetzungen eines Deutschen Schulheims spielte das Schülerheim eine wesentliche Rolle. Hier sollte mindestens die Hälfte aller Schüler schwerpunktmäßig im nationalsozialistischen Geist erzogen werden. Selbst ein Teil der Stadtschüler sollte zur Teilnahme an entsprechenden Veranstaltungen im Heim verpflichtet werden. Für diese weitreichenden Pläne fehlten aber die räumlichen Voraussetzungen im Internat. Ein dafür notwendiges zweites Heimgebäude stand außer Frage. Also musste in einer kleinen Lösung zumindest das bisherige Heim ausgebaut und erweitert werden. In Zusammenarbeit mit dem Stadtbauamt wurde ein Plan erstellt, der den Speicherraum in einen Mansardenstock mit 14 Zimmern für die älteren Schüler umwandeln sollte. Für die geplanten Kosten von 27.000 Mark waren 25.000 Mark als staatlicher Zuschuss zugesagt, für die restlichen 2.000 Mark übernahm Rektor Gierisch eine private Bürgschaft. Mit dem Bau sollte noch im Juli 1939 begonnen werden. Doch der drohende Krieg verschärfte die Lage auf dem Baumarkt. Materialien waren nur auf Bezugschein zu erhalten, viele Bauarbeiter waren bereits für den sich abzeichnenden Krieg eingezogen. Diese Notsituation konnte in einer solidarischen Aktion der Deggendorfer Handwerker bewältigt werden. Ein ehemaliger Schüler übernahm den Ausbau mit den letzten Reserven seines Baumaterials. Am 25. August war der Rohbau des Mansardenstockes fertig, am 26.08.1939 wurde Direktor Gierisch zur Luftwaffe einberufen. Studienprofessor Leo Russy war vom 26.08.1939 bis zum 09.01.1940 mit der stellvertretenden Leitung des Deutschen Schulheims betraut. Ihm folgte am 10.01.1940 Oberstudiendirektor Meinel, dessen Schule in Pirmasens aus Kriegsgründen vorübergehend geschlossen worden war, als Schulleiter.
Beiden gelang es trotz des Krieges den Ausbau des Schülerheims zu vollenden. Durch den Ausbau waren 12 Zimmer für die "Jungmannen", 2 Kameradschaftsräume und ein Waschraum mit 27 Waschbecken gewonnen worden. Das Heim konnte damit 120 Schüler aufnehmen. Direktor Meinel kehrte am 31.8.1940 wieder an seine alte Wirkungsstätte nach Pirmasens zurück. Ab dem 1.9.1940 wurde der Passauer Studienrat Rudolf Schinkinger mit der Leitung des Deutschen Schulheims beauftragt. Sein Rektorat fiel durchweg in die Kriegszeit, so dass es durch die Abberufung zu großen Problemen mit der Lehrer- und Erzieherversorgung im Deutschen Schulheim kam. Dazu mussten die Schwierigkeiten der Verpflegung im Heim, der Beschaffung des Brennmaterials, der Einstellung von Küchenpersonal und der immer stärker werdenden Vereinnahmung durch die NS-Organisationen bewältigt werden.
Im Schülerheim führte der Mangel an Heimerziehern zur Einführung eines "Jungmannen vom Dienst", der in seiner Funktion als Hilfspräfekt den Tagesablauf im Heim mit organisierte und kontrollierte. Daneben wurden Hilfsdienste eingeführt, wie der "Zimmerälteste" oder der Schlafsaalwart, der Bücherei-, der Zeitschriften- und der Sportwart. Ganz im Sinne der NS-Rassengesetze konnten im Deutschen Schulheim keine Juden zugelassen werden. So musste der Halbjude Ulrich Sander wegen seiner nicht arischen Abstammung das Heim verlassen. Das Deutsche Schulheim war ganz an die Deggendorfer Parteiorganisation der NSDAP angeschlossen, bereits ab 1939 war der Stellenleiter der HJ, Studienassessor Ohler, als Verbindungsmann zwischen Schule und örtlicher Partei eingesetzt, um die Zusammenarbeit besser koordinieren zu können. Fast alle Lehrer des Deutschen Schulheims waren aktiv in der Partei tätig. Schulleiter Schinkinger war als Kulturhauptstellenleiter des Kreises Deggendorf und Leiter des Deutschen Volksbildungswerkes tätig. In seinen Lehrerbeurteilungen musste er auch die politische Gesinnung und die Parteitreue des Kollegiums beurteilen. Somit war die Partei lückenlos über die weltanschauliche Haltung des Lehrerkollegiums informiert. In vielen Parteiveranstaltungen konnte sich das "Deutsche Schulheim" profilieren. So organisierte die Schule 1939 eine viel beachtete Ausstellung mit dem Titel "Kampf um Deutschlands Freiheit" oder veranstaltete im Mai 1941 den dreitägigen "Kriegskreistag". Viele NS-Gedenk- und Feiertage, wie der Führergeburtstag, der Tag der Machtergreifung oder der Tag des Deutschen Volkstums endeten im Hissen der HJ-Flagge und im Treueschwur zu Adolf Hitler. Besonders deutlich zeigte sich die nationalsozialistische Erziehung in der Heimbetreuung. In der Freizeit dienten die sportlichen Aktivitäten mit vielen Mutproben der körperlichen Wehrertüchtigung. Im Werkunterricht baute man deutsche Flugzeug- und Schiffsmodelle und die zahlreichen Heimabende wurden von den einzelnen Kameradschaften kulturell gestaltet, die den Gemeinschaftsgeist und das Zusammengehörigkeitsgefühl stärken sollten. Trotzdem hat sich aus dem Deutschen Schulheim keine parteihörige Nachwuchsschmiede entwickelt. Mit viel Diplomatie und Fingerspitzengefühl konnte Direktor Schinkinger verhindern, dass das Deutsche Schulheim der SS unterstellt wurde. Mit zunehmender Kriegsdauer waren die Kriegsauswirkungen immer stärker auch an der Schule zu verspüren. Ab 1944 kam es zu massiven Unterrichtsstörungen, als die Schülerinnen und Schüler der 8. und 9. Klassen zum Reichsarbeitsdienst bzw. zum Kriegsdienst eingezogen wurden. Ab 1944 konnte teilweise nur mehr an zwei oder drei Tagen unterrichtet werden. Im Herbst 1944 suchten immer mehr Flüchtlinge und Verwundete Unterschlupf im Deutschen Schulheim, das daraufhin am 22.01.1945 offiziell in ein deutsches Übergangslazarett umgewandelt wurde. In den verbleibenden Klassenzimmern wurden bis Anfang 1945 noch ca. 500 Schüler im Schichtbetrieb unterrichtet. Am 27.04.1945 marschierten die Amerikaner in Deggendorf ein; abgesehen von einer Granate, die nur leichten Sachschaden verursachte, blieben Schule und Heim vor Zerstörungen verschont.